文档摘要：回文序列在基因组既可以作为基因表达调控的模体,也能引起基因组的不稳定而导致疾病.本文通过全基因组范围的回文识别,揭示回文在线虫基因组上的总体分布模式,并结合回文丰度和分布特征,探讨回文的生物学功能.结果发现:(1)基因组不同功能区域(如编码区、内含子、基因间区)中,回文在内含子中分布最多,基因间区次之,在编码区分布最少;(2)回文的相对丰度随着回文长度的增加而增加,这反映了基因组对不同长度回文的使用选择性;(3)总体而言回文GC含量随着回文长度的增加而降低,而且在不同的基因组区域(编码区、内含子和基因间区)中回文的GC含量有很大差异;(4)搜索转录因子结合位点模体与回文模体,发现转录因子结合位点富含模体与回文模体,且转录因子结合位点模体中有很明显的回文模体,表明回文可能作为转录因子结合模体而调控转录.
Abstract：Genomicpalindromescannotonlyactasgeneregulatorymotifsbutalsocausediseasesbyinducinggenomeinstability.Inthepresentstudy,palindromesintheCaenorhabditiselegansgenomewasidentified,theoveralldistributionpatternofpalindromesacrossthegenomewasuncovered,andthenthepossiblefunctionsofpalindromesinlightofthepalindromedistributionandabundanceinthegenomewerediscussed.Resultsshowthat:(1)AmongthedifferentkindsofgenomicregionssuchasCDS,intronsandintergenicsequences,palindromeabundancedecreasesintheorderofintrons,intergenicsequences,andCDS;(2)Asthepalindromesizeincreases,itsrelativeabundancebecomeslarger,suggestingthedistinctselectionontheusageofdifferent-sizedpalindromesinthegenome;(3)TheGCcontentofpalindromestendstodecreasewithincreasingpalindromesize,anddifferentgenomicregionsincludingCDS,intergenicsequences,andintronsshowdistinctpalindromeGCcontent;(4)Palindromesareenrichedintranscriptionfactorbindingsites,andthereareobviouspalindromemotifinmotifofTFBS,suggestingthepotentialroleofpalindromesingenetranscription.
作者：冯芬 刘国庆 Author：FENGFen LIUGuo-qing
作者单位：内蒙古科技大学数理与生物工程学院,内蒙古包头,014010内蒙古科技大学数理与生物工程学院,内蒙古包头014010;内蒙古科技大学生物工程与技术研究所,内蒙古包头014010
刊名：内蒙古科技大学学报
Journal：JournalofInnerMongoliaUniversityofScienceandTechnology
年，卷(期)：2017, 36(1)
分类号：Q6
关键词：回文序列 相对丰度 GC含量 转录因子结合位点
Keywords：Palindrome Relativeabundance GCcontent Transcriptionfactorbindingsite
机标分类号：
在线出版日期：2017年5月31日
基金项目：内蒙高校青年科技英才支持计划资助项目秀丽线虫基因组中的回文序列分布[
期刊论文] 内蒙古科技大学学报--2017, 36(1)冯芬 刘国庆回文序列在基因组既可以作为基因表达调控的模体,也能引起基因组的不稳定而导致疾病.本文通过全基因组范围的回文识别,揭示回文在线虫基因组上的总体分布模式,并结合回文丰度和分布特征,探讨回文的生物学功能.结果发现:...参考文献和引证文献
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关键词：回文序列,相对丰度,GC含量,转录因子结合位点,
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