文档摘要：RNA-seq高通量测序广泛用于全基因组范围寻找新基因及剪接变体.根据RNA-seq数据的高通量及复杂度的特点,选择稳定、快速和准确的数据分析软件是必要的.Hisat2和MISO是免费开源软件,可分析高通量RNA-seq测序数据剪接事件及其差异.本工作通过肝癌和对照组的比较确定了11487个差异剪接事件,包括6577个外显子跳跃事件,2447个可变5'和可变3'事件,1683个互斥外显子事件和780个内含子保留事件.差异剪接事件可注释到2797个基因.疾病关联和KEGG疾病通路注释分析发现这些基因大多与免疫和癌症相关.8个注释在癌症分类的基因与肝癌有关,其中COMT,CYP2D6,GSTP1,MLH1基因的蛋白互作关系可能与肝癌相关.
作者：斯阳明 邢永强 蔡禄Author：SIYang-ming XINGYong-qiang CAILu
作者单位：内蒙古科技大学生命科学与技术学院,内蒙古包头,014010
刊名：内蒙古科技大学学报
Journal：JournalofInnerMongoliaUniversityofScienceandTechnology
年，卷(期)：2016, 35(3)
分类号：R318.04
关键词：可变剪接 RNA-seq Hisat2 MISO 肝癌
机标分类号：TP3TP1
在线出版日期：2016年11月21日
基金项目：国家自然科学基金资助项目，内蒙古自然科学基金资助项目肝癌血小板RNA-seq数据的可变剪接分析[
期刊论文] 内蒙古科技大学学报--2016, 35(3)斯阳明 邢永强 蔡禄RNA-seq高通量测序广泛用于全基因组范围寻找新基因及剪接变体.根据RNA-seq数据的高通量及复杂度的特点,选择稳定、快速和准确的数据分析软件是必要的.Hisat2和MISO是免费开源软件,可分析高通量RNA-seq测序数据剪接事件及...参考文献和引证文献
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